De acordo com a legislação do PERT contribuintes que aderiram ao programa poderão utilizar os créditos de prejuízo fiscal — decorrentes da atividade geral ou da atividade rural — e de base de cálculo negativa da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL), além de outros créditos tributários objeto de PER/DCOMP, para amortização ou pagamento dos tributos inseridos no Programa Especial de Regularização Tributária (PERT).